东京大学
在本次调查结果中，东京大学遥遥领先，位居榜首。从地方统计来看，北海道和东北地区，东北大学最好;近畿地区，京都大学最强。此外关东、甲信越、北陆、东海、中国、四国、九州、冲绳地区，一致认为东京大学最好。
在Times Higher Education(THE)2016亚洲大学排名中，连续三年位居榜首的东京大学排名跌至第七。但这丝毫没有影响日本国内对东大的“偏爱”，高中教师对东京大学的评价依然很高，亚洲大学排名中日本大学的前三名依次是东京大学、京都大学和东北大学。这与日本高校教育力排名前三的大学完全一致。
京都大学
有21所学校给了京都大学最高分，约为东京大学的五分之一，排名第二。虽与东大实力相当，但还是略逊一筹。尽管如此，受访高中对京都大学的评价依然很高。北海道公立高中表示，该校有很多喜欢探索的学生;大阪私立高中指出，学生很自由，可就某一专业领域深入学习;爱媛县公立高中则对该校的细致的科研指导予以肯定。
京都大学是一所本部位于日本京都市左京区的世界级研究型国立综合大学。1897年，其被设立为“京都帝国大学”。二战后，正式更名为“京都大学”。
京都大学作为日本第二所设立的旧制帝国大学，与东京大学分处日本东西两方，两校一直以来都是日本国内等同齐名的最高学府。但是，两校的传统与办学目标迥然不同。东大以培养治国人才为主，京大则以培养科学家见长。
京都大学的“科研实力”有目共睹，至今毕业生获得诺贝尔奖奖项的人数有9名(东大为8名)，是全亚洲获得该奖项最多的大学之一。另有2名菲尔兹奖得主、1名沃尔夫奖得主、4名拉斯克奖得主、4名芥川奖得主、还有日本的达尔文-华莱士奖章得主。
东北大学
东北大学位居第三，获得29所来自不同地区学校的最高分，超过京都大学。埼玉县的公立学校的教师表示，东北大学的入学成绩高于平均水平，不断培养出为社会做出巨大贡献的人才。
该校也是日本高校中AO(Admission Office)入学考试定员人数最多，且研讨会指导最为严格的学校。这也是东北大学获得好评的原因之一。AO入学考试能够综合判定学生的能力、积极性和目的性。有潜力的学生将在研讨会中继续培养。
位居第二梯队的国际化特色大学也受推崇。
日本的大学加快国际化步伐，大家对国际化人才培养的期望也很高。这也在调查得分中得以体现。
国际教养大学
在本次调查排名当中，我们不太熟知的位于日本东北秋田县的国际教养大学排名第四。这是一所只有国际教养学院的単科大学，由于在规模和研究实力方面的不利因素未能进入亚洲大学排名前列，但秋田县公立高中的一名教师对全英文授课给予肯定。此外，全国共28所学校将最高分投给国际教养大学。
大阪大学
排名第五的大阪大学也是其中之一。江户后期兰学家绪方洪庵开办“适塾”，将日本国内的年轻人聚集在一起相互切磋，共同提高。
大阪大学起源于1724年设立的汉学塾怀德堂和1838年由绪方洪庵设立的明治期间最大的千人兰学塾-适塾。作为后者的发展在1931年创设了由医学院和理学院组成的大阪帝国大学。作为日本国内的旧制帝国大学的第六所，创立不久就已“理科的阪大”而崭露头角。说到阪大的特色，离开当地大阪的话是难以想象的。在旧制大学时代，因为较少的官僚味，且极富庶民特征而被当地的人们所称道。
2015/16 QS世界大学排名中，阪大位列世界第58位。化学世界第19，生物科学世界第30，牙医学世界第38，材料科学世界第44。
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