1643年克伦威尔返回来，将学院变成了军营，将剑桥变成了东英吉利议会运动的司令部。大多数院长丢掉了他们的官职，有一半院士，共200多人，被解雇了。在君主制复辟之后，统一行为又恢复了英国的旧规定。王室的宠儿被指派来担任大学校长。

　　

 

　　在此期间，能够以笛卡尔的坚定不移进行研究和教学的不光是剑桥的柏拉图主义者们，一个自由宗教哲学组织：“道理是主的烛光。”信仰寻找理性的理由，理性发现了一种新的宗教——自然科学。伦敦皇家俱乐部(1660年)成立后设立了数学、化学和天文学的教授席位，艾萨克·牛顿这颗明星在剑桥上空闪耀。留学生想进入这所学校必须要雅思成绩合格，五湖培训通过率非常高，也是诸多学生信任的雅思培训机构。

　　

 

　　18世纪，王室和议会进一步听任大学自主管理。教师和学生们干他们最想干的事：学习、享乐。1800年左右，剑桥(和牛津)的名声受到损害。另外两所大学超过了它们，尤其是在自然科学方面：苏格兰的爱丁堡大学和德国的哥廷根大学，那是乔治二世创办的大学，不久就成了汉诺威人最著名的大学。另外，在英格兰也首次出现了竞争对手，杜伦大学(1832年)和伦敦大学(1836年)，“牛剑”失去了它的垄断地位。同时大学生的人数却在上升。发达起来的资产阶级的中等阶层需要新的培养场所。在维多利亚王朝这一越来越工业化和商业化的社会里，剑桥也感觉到必须帮忙，应该改革了。一位科堡-高塔王子、维多利亚女王的丈夫阿尔伯特推动了这次改革。

　　1847年，剑桥大学以微弱的多数将这位不受欢迎的德国人选为校长。1871年，又一项法律结束了对不信奉英国国教者的歧视。1861年，人们注意到了第一位已婚教师，这显示剑桥大学在渐渐地脱离中世纪。1860年前这所大学正式取消了禁止院士结婚的规定。由于各学院有权自主决定此事，直到1880年之后，院士们的结婚愿望才取得了成功。这给剑桥带来了一场建筑和婴儿的小小兴旺。

　　

        1870年，当时的大学校长，威廉·卡文迪什，德文郡的第七代公爵，资助了一个实验物理学教授席位和一所实验室，两者都是以他的一位祖先、物理学家亨利·卡文迪什的姓氏命名的。那是自然科学辉煌发展的开始。19世纪剑桥人口增加了四倍，居民人数将近五万。永远年轻、迷人的鲁珀特·布鲁克的精神，美人和智者围聚在他周围，一个撑船比赛、五朔节集会和布鲁莱利口酒的世界。